Survival hra Subnautica sa začína haváriou, čo je síce zaužívané klišé, ale potom vás už čaká nevšedný boj o prežitie. Ocitnete sa v záchrannom module, všade okolo vás je voda a najbližšia pevnina smerom nadol. Musíte sa teda ponárať do hlbín a všetko potrebné hľadať práve tam, na morskom dne, medzi koralmi a nezvyčajnými tvormi. Potrebujete jedlo, zásoby kyslíka, suroviny. V hardcore móde to môžete skúsiť s jediným životom a v kreatívnom zas spoznávať podmorské krásy a budovať bez nutnosti hľadať zásoby a starať sa o svoje zdravie.